復讐の女神篇の分岐～メインクエスト「東京タワーへ向かえ」まで。
タイトル画面からNEW GAMEを選択すると、まず難易度設定：Casual/Normal/Hard。
※：ゲーム中メニューから難易度変更可能。ただし、Hardのみゲーム開始時のみ選択可能。
復讐の女神篇/創世の女神篇の分岐
開幕の選択肢：手をとる/手を取らないで、ストーリーが大きく分岐する。
手をとるを選択すると、新ルート「復讐の女神篇（真・女神転生V Vengeanceルート）」
手を取らないを選択すると、旧ルート「創世の女神篇（真・女神転生Vルート）」
復讐の女神篇：オープニングイベント
名前入力：名字～名前
教室にいる生徒と3箇所で会話
入り口にいる男と会話するとイベント、選択肢：別にいいけど/…面倒だ
品川駅に入るとイベント
人混みに近寄る
ミヤズに近寄ると、選択肢：任せておけ/仕方がない
セーブ
高輪トンネルに入るとイベント
？？？を少し進んでいくとイベント、選択肢：手を取る/頷く
ダイモーン戦。弱点：電撃。
撃破後イベント、選択肢あり
少し進むとイベント
さらに進み、ジャンプで岩や登はんポイントを越えていく。
更に進んでいくとイベント、選択肢あり。
メインクエスト：東京タワーへ向かえを受注。
メインクエスト：東京タワーへ向かえ
坂を下りるとイベント、龍穴があり、以下の機能を利用できる。
行動の記録：セーブができる。
骸の隠れ家：ギュスターヴからアイテムをマッカで購入できる。
回復：マッカでHPを回復できる
真VVではどこでもセーブできるようになった（方向キー左）ため、龍穴でセーブする必要がなくなっている。
早期購入特典DLC「特典・2つの神器セット」を適用している場合、祓戸の霊玉/崩潰珠をもらうことができる。
少し進むといるミマンと会話
龍穴に戻り、骸の隠れ家にてイベント、オンモラキの写せ身を貰える。
フィールドにある自販機を調べると、遺物を入手できる。
遺物は、骸の隠れ家で売ることができる。
横断歩道橋の階段辺りにミマン
横断歩道橋を越えた辺りでイベント、会話チュートリアル。
ピクシーが仲魔に。
真V/真VVではシリーズ経験者ほど陥りやすそうな罠だが、今作はスライムやガキも普通に会話で仲魔にできたり、新月時に会話が成立しなかったりなど、大分ルールが変わっている。
まず、近くにいるスライムとガキを仲魔にしてから先に進むとよい。
少し進むと、方向キー上で上空からの視点で周囲を見ることができるようになる。
また、今作では連続エンカウントが発生するようになったため、エネミーシンボルが密集している場所での戦闘は気をつけるとよい。
このあたりだと、すぐの分かれ道を北に進んだ先にある洞穴の宝箱（火炎の小秘石）付近にはスライムが密集しているので要注意。
ただし、倒せるなら入手経験値やマッカにボーナスが入るためかなり美味しいので、準備をしっかりしてから挑むとよい。
少し北へ進み、分かれ道を北西に進むとイベント、ガキ3体と戦闘に。
撃破後イベント、選択肢あり。
さらに進んでいくと、アオガミの骸。
アオガミの骸からはアオガミの写せ身を入手できる。
アオガミの骸は一度調べた後時間をおくことで再度調べることができるように。
ここではアオガミ甲型を入手できる。
その付近にあるミタの龍穴に近寄るとイベント。
龍穴にて邪教の世界が解禁され、神意の習得や写せ身合体などが行えるように。
とりあえず、アオガミ甲型の写せ身で底根ノ御守を習得するとHPMPが30上昇するため序盤で重宝する。
オンモラキの写せ身でアギを習得すると次のマンドレイク戦が楽になる。
また、神意の習得で「成長の祝い・壱」を習得すると、レベルアップ時にHPMPが上限の半分回復するようになるのも便利。
龍脈渡りが解禁され、他の龍脈へ移動できる。
ミタの龍穴から北東へ進むとマガツカがある。
真Vではマガツカ周辺のマップが見えなくなっていたが、真VVではマガツカ周辺のマップが通常通り表示されるように変更されている。
マガツカを攻撃すると、マンドレイク3体と戦闘に。
弱点：火炎
ジオを使ってくるため、スライムがいると弱点を突かれてしまう。
火炎弱点なので、近くにいるオンモラキを仲魔にしてからのほうが楽。
撃破すると、マガツカが消滅し、先へ進めるように。
また、写せ身の極意、神の懐、神の技数、仲魔の技数、回復の心得、補助の心得の各壱の神意を習得できるように。
ミタの龍穴に戻り、仲魔のストック数が増える神の懐・壱辺りを習得するとよい。
マガツカの先へ進んでいくとアマノザコとのイベント、選択肢あり。
そこから少し進むと、マガツロについてのチュートリアル。
マガツロを利用することで、もう一つのマガツロにつながった場所へ移動することができる。
このマガツロの先に、くらましの玉2個、魔石輪3個、御厳50（銀色の宝箱）、グレムリンの写せ身、電撃の秘石2個
さらに先へ進んでいくとイベント、選択肢：ここは魔界らしい/20年後の東京かも
また、追加イベントがあり、グラシャラボラス戦。
グラシャラボラス戦
弱点：電撃
グラシャラボラスは、ダストマ、バウンスクローなどを使ってくる。
バウンスクローのクリティカル率が妙に高く、レベルが低い仲魔だと1撃で死ぬので要注意。
この戦闘では、仲魔枠1にユヅル、仲魔枠2にヨーコが強制的にゲストキャラとして参戦し、仲魔枠1と2にいた仲魔はストックに入るので要注意。
ユヅル：ブフ+2、ラクンダ+1、グラムカット+2
ヨーコ：ディア+1、ジオ、アギ+1
主人公とヨーコのジオで行動回数を増やしつつユヅルのラクンダを重ねがけして防御を下げ、次ターンにマガツヒスキル「禍時：会心」を発動し全員で一気に攻撃して倒すとよい。
撃破後イベント、ヨーコがゲストキャラクターとして同行するように。
ユヅルは離脱する。
北へ進んでいくとある龍穴付近でイベント、選択肢あり
アマノザコがクエストナビに。
また、龍穴メニューに「悪魔の裏庭」が解禁。
悪魔の裏庭では、現在持っている仲魔達や同行しているゲストキャラクターと交流できる。
話しかけて会話をしたり、フリーカメラの機能で鑑賞したりなどできる。
バトルをこなす、フィールドを探索する、クエストを完了するなど、様々な形でゲームを攻略していくと、悪魔の裏庭で特別な会話が発生することがある。
特別な会話が発生すると、アイテムが貰えたり仲魔が成長するなどの見返りがある。
また、仲魔へ貢物をすることで仲魔からの印象が高まり、仲魔が成長する会話が起きやすくなる。
悪魔の裏庭にあるベンチを調べるとアオガミと会話できる。
アオガミとの会話の場合は、ナホビノの能力が高まるような特別な会話が発生することがある。
シバの龍穴にて、邪教の世界で悪魔合体/悪魔全書解禁。
シバの龍穴の西の方に進むと巨大な敵（強敵）がいる。
この時点だとおそらく戦っても勝ち目がないので、接触しないように先へ進むとよい。
この強敵がいる広場の西辺りにマガツロ。
マガツロの先に、ソーマの雫、ピアレイの写し身、衝撃の小秘石4個。
また、アラミタマもいる？
御霊系の敵は戦闘開始時に弱点がランダムで決定し、それ以外の攻撃は無効化してくるため、序盤は万里の眼鏡で弱点を確認→弱点属性で攻撃といった流れで攻撃するとよい。
強敵の先にある登はんポイント付近でイベント、選択肢あり。
登はんポイント上にいるネコショウグンのサブクエストを達成するとヨーコとのイベント、選択肢あり。
さらに登はんポイントを上った辺りに、クエストナビが見つけるマガツロがある。
マガツロの先に、悪魔の小箱2個あり。
また、サブクエスト「つよいアクマを見せて」が受注できる。
登はんポイントを上った先から段差を下りて少し進むと、マガツヒ悪魔がいる。
このマガツヒ悪魔は通常よりも強く、種族に関係なく多種多様なマガツヒスキルを使用してくるためエンカウントごとに危険度が変化する。
その代わり、倒すと通常では所持していないレアなアイテムを落とすことがある。
北に進んでいくとハママツチョウの龍穴がある。
この付近にダイモーンが多く出現する場所がある。
VVで追加された連続エンカウントの恩恵を得られる。
サブクエスト「ならずもの悪魔をやっつけて」の討伐対象でもあるので利用するとよい。
ハママツチョウの龍穴から南東のマガツカ、Lv10マーメイド：弱点電撃
撃破後、神の懐・弐、神格習合、破魔の心得・壱、呪殺の心得・壱、状態の心得・壱が解禁。
神格習合を習得すると、写せ身合体時に写せ身の防御相性をナホビノに写すことができるようになる。
また、このマガツカから更に南東に進み、崩れた建物の下辺りにいるスライムと会話すると、外道族の護符を貰える。
ハママツチョウの龍穴の南にある崩れた高架道路を上っていくとイベント
この高架道路を上ってから南に進んだところにあるアオガミの骸から、アオガミ壱式の写せ身を入手でき、麁正連斬を習得できる。
鹿かと思ったら麁。
この高架道路を上ってから北に進んだ先の曲がり道にマガツロ。
その先に、チョトンダの写せ身、ユニコーンの写せ身あり。
また、その辺りにチョトンダが出現するので、サブクエストのために仲魔にするのも手。
上記高架道路を上ったところから南西方面のマガツカ、Lv13スダマ2体と戦闘：弱点火炎氷結
撃破後、溢れるマガツヒ、臥薪嘗胆、一気呵成、反攻準備・耐性、反攻準備・無効、神の懐・参が解禁。
マガツカを越えて、北西に進んでいくと東京タワーの龍穴がある。
東京タワーの龍穴から更に北に進むとイベント、選択肢あり。
ヒュドラ戦に。
ヒュドラ戦攻略
弱点：氷結
全体ランダム火炎属性攻撃の「ファイアブレス」を頻繁に使ってくる。
また、マガツヒを集めた次ターン？毒付与の全体攻撃の「蛇毒の息」をしてくるのでガードするとよい。
ある程度HPが減ってくるといくつか頭が取れる。
このあと全体物理攻撃の「大暴れ」をしてくる。
主人公は、神意：写せ身の極意・壱を習得した状態なら以下のスキルが使い勝手がいい。
アオガミ壱式の写せ身から麁正連斬とラクンダ
主人公の防御面が不安なようなら、ダイモーンの写せ身から耐性を継承するのも手？
金銭的に余裕があるなら、火障石を使わせるのも手。
真VVでは微量だが全体HP回復できるアイテム「魔石輪」が追加されたため、これを利用するのも手。
ヒュドラは睡眠が有効なので、ドルミナーや夢見針などを使って睡眠にして行動を抑制し、まずはスクンダやラクンダなどデバフを重ねがけするとよい。
マガツヒスキル「禍時：会心」で一気にダメージを稼ぐとよい。
マーメイドのユニークスキル「狂乱の宴」で禍時効果中の多段攻撃のヒット数が増加するため、主人公の麁正連斬やマーメイドの嵐からの歌声、チンなどが習得する乱れ針などと相性がよい。
ただし、マーメイドは氷結弱点でヒュドラの攻撃で死にやすいので要注意。
撃破すると、メインクエスト「東京タワーへ向かえ」達成。EXP600入手。
邪龍ヒュドラの合体解禁。
少し進むとイベント、回帰のピラーを入手。
回帰のピラーを使うと、直前に利用した龍穴までワープできる。
アイテムから使用できる他、フィールドでL1ボタンを押すことでも使用できる。
メインクエスト「天使に会おう」へ続く。
宝箱例
道返玉、傷薬2個、火炎の小秘石、ピクシーの写せ身、
くらましの玉2個、魔石輪3個、グレムリンの写せ身、電撃の秘石2個
アムリタソーダ3個、魔導書2個、700マッカ
氷結の小秘石3個、チャクラドロップ2個、魔導書2個、ダイモーンの写せ身
アズミの写せ身、氷結の秘石、コダマの写せ身、黄金の切り札
遺物例
缶ジュース、古新聞、粉まみれの箱、溶けた人形、黒テープセット、
出現悪魔一例
タマチ
Lv1スライム：弱点電撃衝撃
Lv3ガキ：弱点火炎衝撃破魔
Lv2ピクシー：弱点呪殺
ミタ
Lv4オンモラキ：弱点氷結衝撃
シバ
Lv5グレムリン：弱点火炎衝撃
Lv6マンドレイク：弱点火炎
Lv6コダマ：弱点火炎氷結
Lv8ピアレイ：弱点火炎
Lv48オオヤマツミ：
アラミタマ
ハママツチョウ
Lv7ケットシー：弱点衝撃
Lv7ダイモーン：弱点電撃
Lv9チョトンダ：弱点呪殺
Lv10アガシオン：弱点氷結
マガツヒスライム：弱点火炎、体力の香
アラミタマ
ニギミタマ
シバ公園
Lv13ツチグモ：弱点氷結
Lv11アズミ：弱点電撃
マガツヒアズミ：弱点電撃、体力の香
Lv8ザントマン：弱点電撃
ミマンメモ
タマチ
開始直後のタマチ龍穴付近
上記付近の横断歩道橋
上記から北上していき、ガキが2体いるところの東側のビルの裏辺り
上記ガキの場所より少し北の東側の建物前辺り（道路側のたくさん結晶が落ちている木の向かい側）
上記位置の北西の建物（たくさん結晶が落ちている木の北の建物）
ミタ
ミタの龍穴付近（横断歩道橋を上っていった先）
ピクシーの写せ身の宝箱の裏辺り
ミタの龍穴近くのマガツカ破壊後、その近くの岩の上
シバ
ユヅルと出会う場所のT字路を南に進んだ先にあるアムリタソーダの宝箱付近
上記T字路を北に進んだところ（電車の東側辺り）
シバの龍穴の南西辺りのスダマがいる辺りの北西角
シバの龍穴の北西の強敵オオヤマツミがいる辺りの南西の岩の裏
ハママツチョウ
シバの龍穴から北西の登はんポイントを上がったら東の倒れたビルを降りた先にある瓦礫の下
ハママツチョウの龍穴から南にある高架道路入り口の南辺りの岩陰
ハママツチョウの龍穴から南東にあるマガツカの先にある崩れた建物の上にあるマンドレイクの写せ身の入った宝箱の下辺り
ハママツチョウの龍穴から南にある高架道路を上り、北の道にある岩陰
シバ公園
ハママツチョウの龍穴の南の高架道路を上っていき、南に進んでいくとあるザントマンが多めにいるアズミの写せ身と氷結の秘石2個の宝箱付近。
ハママツチョウの龍穴の南の高架道路を上っていき、南に少し進むと東側にある滝を下りたところ。
ハママツチョウの龍穴の南の高架道路を上っていき、北の坂道を道なりに上っていくとサブクエスト「水場を荒らす悪魔を退治して」を受けられるマンドレイクがいる。その少し北辺りにいる。
ハママツチョウのマガツカの西の辺りの川沿い。
ハママツチョウのマガツカの更に西の方へ進んでいくとリャナンシーがいる自販機付近