タイトル画面からNew Gameを選択しゲームを開始すると、まずゲームモードを「モダン」「オリジナル」の2つから選択後、主人公の名前入力（デフォルト名は亮）。
ゲームモード/リマスターオプションについてはリマスター版変更点に記載。
オープニングイベント
ストーリーを進めていくと、チュートリアルステージに。
少し進むとイベント、チュートリアル戦：毛犬3体。
チュートリアルステージでは敵を倒しても経験値など入手できないため、どんどん奥へ進んで行くとよい。
2つ目のマップの奥に進むとイベント、ボス：Lv3光狩戦。
HP100程度
撃破後イベント
基本的な流れ
オープニングイベント以降は、月～金曜日の訓練、土曜日の訓練、日曜日の訓練を繰り返しキャラクターを強化していく。
日数を進めていくと、イベントも進行していく。
月～金曜日の訓練
月曜日に訓練時間の割り振り。
訓練時間は、合計12ポイントを各能力に対し割り振ることができる。
能力を割り振るには任意の能力を左クリックで増加、右クリックで減少。
ただし、訓練時間は、各能力で最初の2ポイントまでが10％、3ポイント以降は5％として計算されるため、同じ能力だけ割り振ると効率が悪くなるので要注意。
訓練時間の割り振りを「決定」すると、月～金曜日の訓練が自動的に進行する。
訓練を行うことで、訓練値が自動的に各能力に割り振られる。
割り振られた訓練値が、現能力値と同じ分だけ溜まるとその能力が1アップする。
土曜日の訓練
土曜日の訓練はキャラクターを1人選択し、一緒に訓練を行うことができる。
一緒に特訓を行うことで特定の能力を伸ばすことができるが、その能力は仲間キャラによって異なる。
火倉いずみ：体力+1/精神+2
七荻鏡花：素早さ+2/器用さ+1
三輪坂真言美：精神+3
祁答院マコト：体力+1/素早さ+1/器用さ+1
新開健人：体力+3
星川翼：素早さ+1/器用さ+2
百瀬壮一：体力+1/素早さ+1/精神+1
能力アップ以外にイベントが発生することもある。
リマスターオプションの2倍モードで仲間特訓値を2倍にできる。（モダンモードだとデフォルトで2倍の状態になっている）
日曜日の訓練
日曜の夜は、「狭間」と呼ばれる異次元空間の扉を開き実践的な訓練を行う。
レベルアップのための経験値、訓練値、アイテムなどを獲得できる。
「狭間」に一緒に入り戦闘をしたり時間を共に過ごすことで仲間の親密度がアップする。
狭間に行く前に、本拠地でパーティ編成や武器/アイテム加工など準備を行うことができる。
本拠地メニューのパーティ編成のステータスからアイテムを装備することもできる。