各地に無縁の強者と呼ばれる隠しボスがいる。
無縁の強者は手配書の敵と比べると、マップ上には表示されないため見つけるのが難しい上に、こちらのレベルに合わせた強さになるため倒すのも難しい相手になっている。
無縁の強者は、基本的に御神木付近の洞窟に出現し、倒すとその敵の装備や流派を入手できたり、宝箱から「武経七書」が入手できるなどの恩恵がある。
「藤岡屋日記：妖刀村正」で役人に村正を渡していた場合にのみ出現する「赤目の弥七郎」は洞窟内にはおらず、宝箱など入手できないが妖刀村正を入手できる。
横浜
武を継ぐもの
蒔田
西にある隠し刀の旗印のある高台から北西方面に飛んでいき、川跡？に降りる。
近くに御神木とその横に武を継ぐものがいる洞窟がある。
追われるもの
平沼新田
東側の海岸沿い、袖ケ浦に近い場所に追われるものがいる洞窟がある。
追放された学士
芝生
滑空訓練のある隠し刀の旗印のある高台から北に見える池の北辺りにある御神木付近に追放された学士のいる穴がある。
江戸
碧眼の侍
芝
南東の海岸（薩摩藩上屋敷の東辺り）の北端に碧眼の侍のいる洞窟がある。
孤剣の咎人
千束
東の隠し刀の旗印から南に複数見える御神木のある場所の崖下に木の足場が見える。
その足場に孤剣の咎人のいる洞窟あり。
洞窟内では水の中を潜って進む場面あり。
絢爛たる無頼漢
神田
神田川の北側の川沿い（神田川のせせらぎの撮影ポイントから北西辺り）に絢爛たる無頼漢のいる洞窟あり。
京都
幽世の忍
東山
清水寺の北西辺りにある御神木付近に幽世の忍のいる洞窟あり。
無手の遣い手
烏丸
川の西側端に無手の遣い手のいる洞窟あり。
洞窟の入口は水中にあるため、潜って入る必要あり。
血を求めるもの
白川
下鴨神社の東の川沿い（東側）に血を求めるものがいる洞窟あり。
赤目の弥七郎
白川
「藤岡屋日記：妖刀村正」で役人に村正を渡していた場合、吉田山を登っていくと遭遇できる。